1.Сделаем экспорт (дамп) БД:
mysqldump -h имя_хоста_mysql -u логин_mysql -ppassword -B имя_базы_данных > database.mysql
2.Конвертируем БД:
iconv -f CP1251 -t UTF-8 database.mysql > database.mysql.utf8
* Список кодировок можно узнать, запустив:
iconv -l
3.Сделаем импорт БД:
mysql -h имя_хоста_mysql -u логин_mysql -ppassword -B имя_базы_данных < database.mysql.utf8