1. Убрать маленький квадратик внизу описания товара?
В /components/com_virtuemart/themes/default/templates/product_details/flypage.tpl.php (или в том flypage, который у Вас используется):
удалить php echo $addtocart
2. Убрать "Задайте вопрос по этому товару"?
В /components/com_virtuemart/themes/default/templates/product_details/flypage.tpl.php